La flora della Riserva Naturale è strettamente legata alla vegetazione arborea dominante e in genere quella che si riscontra nei castagneti a ceduo è assai povera. Questa è caratterizzata da specie a fioritura primaverile quali: Anemone nemorosa, Poligonatum verticillatum ed Hepatica nobilis.
A stagione inoltrata si osservano: Phyteuma betonicifolium e Hieracium tenuiflorum. La graminacea più diffusa è la Molinia coerulea. Tra le specie arbustive si cita il Vaccinium mirtillus (mirtillo nero). Più variegata la flora nelle aree a margine dei boschi, nelle chiarie, nelle aree più fresche situate vicino ai corsi d’acqua e più in generale dove il castagneto lascia il posto a un bosco misto. L’ Osmunda regalis (felce florida), la Dactylorhiza fuchsii e la Gentiana asclepiadea (genziana di esculapio) sono tre specie osservabili in questi siti.
Relativamente rare, l’attuale legislazione regionale le considera a protezione assoluta. Localizzata nell’alveo del rio Ballona troviamo l’alloctona Reynutria japonica. Più comuni: Convallaria majalis (mughetto), Lunaria rediviva (lunaria) e Polygonatum verticillatum (sigillo di salomone). Curiosa la presenza di Cistus salvifolius (cisto femmina) basso arbusto tipico della macchia mediterranea. Altri arbusti diffusi sono: Calluna vulgaris ( brugo), Erica herbacea (erica) nelle stazioni più umide e fresche, Mespilus germanica (nespolo), Euonymus europaeus ( berretta del prete). Di origine alloctona: Spirea japonica (spirea), Buddleja davidii (budleia). Rari, non in termini assoluti ma perchè al di fuori del loro areale abituale, sono: Rhododendron ferrugineum (rododendro) e Ruscus aculeatus (pungitopo) . Assai diffusa la Pteridium aquilinum (felce aquilina).
